由于睾丸和附睾都位于阴囊内，因此睾丸根部疼痛大多由于睾丸、附睾和阴囊原发病变所引起。有时身体其他部位病变也会放射到睾丸，引起睾丸根部的疼痛，具体见于以下：
1、睾丸根部急性疼痛，通常见于急性睾丸炎、急性附睾炎、急性睾丸扭转和睾丸外伤等。上述疾病引起的疼痛特点，表现为疼痛剧烈难忍、疼痛范围较局限，有时会沿着精索向腰部进行放射。如果是附睾炎或者睾丸炎引起的疼痛，还会出现全身症状，比如发热、寒战、乏力、不适等症状；
2、睾丸根部慢性疼痛。通常见于精索静脉曲张、慢性附睾炎、睾丸鞘膜积液以及睾丸肿瘤等疾病。上述疾病引起的疼痛特点，表现为睾丸区域或者睾丸根部的胀痛、隐痛、坠胀、不适等症状，手术症状在休息后可以缓解或者消失；
3、身体其他部位病变放射到睾丸，引起睾丸根部疼痛，常见于输尿管、肾脏以及前列腺部位病变。比如输尿管结石或者慢性前列腺炎，有时会放射到睾丸，引起睾丸根部出现疼痛症状。
