HPV疫苗完全接种需要3剂，一般在6个月内完成，中国专家推荐在HPV疫苗接种3剂完成后3个月再怀孕，所以妇女在怀孕期间应避免接种HPV疫苗。目前的问题是有些孕妇在接种疫苗的时候不知道自己已经怀孕，如果出现这种情况也不要过于紧张。HPV疫苗是一种重组疫苗，无生物活性和病毒DNA，并不具有传染性。
HPV疫苗被归类为B级药，根据女性在孕期能否使用，分为A、B、C、D类药。A类药孕妇可以使用，而B类药是指经过动物试验研究，对胎儿没有危害，但未经过临床对照试验，即在动物中无害，但是在人群中无确凿证据证实是否有害，可以在医生的观察下使用。除维生素以外，大多数药物都是属于B类药。
目前在妊娠妇女中收集到有限的数据表明，包括妊娠登记的资料、流行病学研究、临床试验期间的意外妊娠，都不足以判断接种疫苗后是否导致不良妊娠事件的风险。HPV疫苗的说明书指出，妊娠期间应避免接种HPV疫苗；如果女性已经或者准备怀孕，建议推迟或者中断接种，妊娠结束后再进行接种疫苗。
