肾囊肿主要是膨大的肾小管憩室构成，一般是采用手术治疗。手术治疗的标准主要根据囊肿大小、囊肿个数、囊肿生长的位置来定，肾囊肿通常指单纯性肾囊肿，肾小管憩室不断膨大，膨大到一定程度后在超声下面可看到有囊肿产生，囊肿不断增大，增大过程中可能对肾脏实质造成压迫，使肾实质损伤部分肾功能，另外造成局部的引流障碍，易导致局部出现结石和感染，要根据大小、位置和个数来判断。
通常情况下，如果单侧肾脏囊肿＜3个，大小＜5cm，向外生长，一般不治疗。如果囊肿＞3个，大小＞5cm，向内生长，可能对肾脏造成压迫，这时需要手术干预。手术的方法一般首先给病人经皮穿刺，抽囊液打硬化剂，其次采用去顶减压术，另外就是囊肿切除术，这是肾囊肿常见的三个治疗方法。
