朱砂甘而微寒，并且有毒。朱砂入心经，用于清心、镇静、安神、解毒，用于心慌、心悸、失眠、多梦的治疗。同时朱砂有镇静作用，用于癫狂症、癫痫等神经和精神系统疾病。

朱砂也用于小儿的惊风、高热惊风，能起到安神定惊的作用。另外，朱砂对视物昏花以及口舌生疮，长口疮有一定的疗效，也用于各种疮疡肿毒的治疗。

朱砂一般只是微量的入丸散，不会入煎剂，而且也可适量外用。但是含朱砂的这类药物都不宜久服，起到作用后立刻停药。因为朱砂也会出现肝肾损伤，肝肾功能不全的病人不能用。