会厌囊肿患者吃药并没有确切疗效，一旦形成囊肿，并不会因为吃药而消除。但是会厌囊肿如果比较小，比如比豆粒还小，一般不需要治疗，观察即可。也不见得会持续增大，有可能多年维持豆粒大小的形状不变，就没有任何影响，不需要任何更多处理。
如果复查过程当中，发现会厌囊肿逐渐增大，比如长到比花生米还大的程度，就有可能出现咽喉的异物感、堵塞感，导致一定程度的吞咽阻挡感、吞咽困难。如果确定有这些症状，并且有明显相关的会厌囊肿，就可以考虑手术治疗。
手术属于喉纤维手术，一般通过支撑喉镜下进行操作即可，颈部没有任何切口，都是通过从口腔置入支撑喉镜，手术创伤比较小，恢复也很快。一般术后1-2天，就没有明显的不适症状。所以，会厌囊肿长到一定程度，可以通过手术切除而治愈。
