如果有发热病史，正在发烧，不适合羊水穿刺；羊水穿刺从腹部扎针，因为生殖道相通，如果阴道有炎症，抵抗力降低时，有可能会引起宫内感染，从而导致流产；
已经有阴道出血先兆流产时，也不适合做穿刺，因为穿刺针通过腹壁到子宫中、羊膜腔内，相当于给子宫造成了很强的刺激。如果有流产征兆或者流产先兆，再加上刺激，很有可能由先兆流产变成难免流产，最后导致真正流产。
所以有不适合穿刺的合并症或者并发症，如血小板减少。血小板减少时，凝血功能有异常，针孔容易出血，可能导致胎盘早剥等危险发生。因此是否适合羊水穿刺，最好由有产前诊断资质的机构判断。