生殖细胞肿瘤通常会发生在人体的生殖腺上面，如男性睾丸会出现生殖细胞肿瘤，女性卵巢也会出现生殖细胞肿瘤，但在脑子中也会有生殖细胞肿瘤，即脑生殖细胞瘤。人体发源于受精卵细胞，无论是精子，还是卵子，都属于人体的生殖细胞，在人体不断发育过程中，生殖细胞会逐渐退缩。如果脑子中有少量生殖细胞残留，此类残留为后期形成生殖细胞瘤做好了细胞学的铺垫和准备。
因此，脑子里面的生殖细胞瘤，来源于人体的生殖细胞，在胚胎发育过程中的残留，通常是一种恶性程度较高的肿瘤。成熟性的畸胎瘤恶性程度较低，为良性肿瘤，不成熟的畸胎瘤以及胚胎性肿瘤，恶性程度较高，手术治疗效果差，生存时间短。
