椎间孔镜手术与其他手术一样，都有一个学习曲线，在学习曲线过程中不可避免地会产生一些手术后遗症，比如在初学手术早期，常常会出现椎间盘切除不干净，髓核残留等并发症。另外，手术以后深部感染，手术过程中由于解剖结构不熟练导致的血管、神经或者硬膜损伤，都是腰椎间孔镜手术后遗症。随着手术技术的不断成熟，比如切除不干净或者血管神经损伤并发症或者后遗症都在逐渐下降。
目前最常见的腰椎孔镜后遗症主要是手术以后腰背部或者髋部轻微不适感，随着活动增加，不适感会逐渐减轻。另外，还有一个比较多见的后遗症或者并发症，是椎间盘突出复发，每一个治疗椎间盘的医生，都会面临这个问题，所以无论什么情况下，给患者进行椎间盘突出手术，都要给他手术以后康复教育。健康在于教育，腰病三分治，七分养，切除突出髓核，还要告诉患者正确的生活方式和康复训练方法。
