百多邦对甲沟炎有一定局部杀菌和消毒作用，但作用较局限，尤其是对于重度甲沟炎，往往治疗效果不佳。百多邦是皮肤黏膜消毒剂，对常见的皮肤黏膜病菌有杀菌作用。甲沟炎患者可以使用百多邦产生局部杀菌、消肿作用。但甲沟炎炎症往往是深部炎症，通常在指甲下部，甲沟炎炎症往往是由于嵌甲以后指甲刺激引起，药物对治疗甲沟炎有一定效果，但不能产生全部的治疗作用。百多邦杀菌谱也有限，不像常见的皮肤黏膜消毒剂，如碘伏、活力碘，具有广泛杀菌作用。

甲沟炎本身不完全依靠药物治疗，需要改善指甲陷入甲旁的嵌甲状态，才能够充分治疗。甲沟炎如果是轻度，可以使用百多邦做皮肤黏膜的消毒，如果是重度炎症，或反复复发形成嵌甲畸形，除了外用百多邦，还要求助专科医生，做相应的专科治疗，才能彻底治愈。