吞咽一侧耳朵痛，通常与咽鼓管功能紊乱、咽鼓管发炎有关。因为咽喉管功能紊乱，会导致吞咽时有气体通过咽部，而进入中耳腔，从而对中耳腔造成一定的感染，与刺激因素有关系。
如果此种疼痛持续加重，考虑是有急性中耳炎的表现。如果耳痛持续加重，在48小时仍然不缓解，考虑细菌性的急性中耳炎，要适当使用抗生素进行治疗，比如阿莫西林克拉维酸钾，一般治疗一周就可以获得比较好的疗效。
如果只是轻微耳痛，并且在1-2天内逐渐缓解，可以先观察，不必急于药物治疗。但是如果此种情况经常反复发生或者持续不愈，要对咽鼓管功能紊乱的情况来进行治疗。
咽鼓管功能紊乱，通常继发于鼻炎和鼻窦炎，以及由胃酸反应的刺激因素导致，要对鼻炎、鼻窦炎进行适当治疗。包括使用鼻喷激素喷鼻、口服抗组胺药及口服白三烯受体拮抗剂。
如果有反流性咽喉炎，需要使用抑制胃酸的药治疗，才能使咽鼓管功能逐渐恢复。
