体外碎石可以损伤肾脏，在体外碎石的并发症当中，肾脏损伤是最严重的并发症，损伤以后所形成的瘢痕可以造成肾单位永久性丧失。碎石引起的常见肾脏损伤包括肾脏包膜下血肿、肾盂破裂、肾脏单位丧失、广泛纤维化、瘢痕、急性肾乳头损伤，甚至出现肾脏破裂。空力效应和应力效应是肾脏损伤的主要原因，主要损伤血管，服用阿司匹林等抗血小板、抗凝药物，或者本身有出凝血机制异常的患者容易出现，而且随着年龄增长，肾脏并发症的发病率也会上升。减少体外碎石的次数、频率和能量，有助于减少并发症，提高无石率。
如果出现肾脏损伤，多数情况可以通过保守治疗进行处理，对于少数血肿大的患者可以尝试穿刺引流血肿，必要时需要行手术血肿清除，包括肾脏修复，最严重的情况是行肾脏切除手术。如果出现尿液外渗，需要引流和抗感染治疗。
