安必仙和阿莫西林的区别，在于是不同种类的抗菌药物。这两种药均属于青霉素类抗菌药物，从大类上均属于β-内酰胺类抗菌药物，结构中均有β-内酰胺环。

但青霉素类药物是一大类，里面有较多不同青霉素，除普通青霉素，还有阿莫西林、美洛西林，磺苄西林、氨苄西林等。安必仙亦称氨苄西林，阿莫西林同属于青霉素，却是不同种类。

不同企业会单独给附属厂家生产的药品取一个商品名，以此区别其他企业的命名，而通用名是药典规定的唯一法定名称。

这两个药的名字差别较大是因为安必仙药物的命名属于商品名命名方法，而阿莫西林属于通用名命名方法。比较两种西药时，最重要的是对比通用名，不应仅对比商品名，以免造成误判。