肺炎链球菌的主要致病物质，即荚膜中的多糖结构，肺炎链球菌致病力大小，也与肺炎链球菌荚膜中多糖结构以及含量相关。引起成人肺炎链球菌感染的主要血清型是1-9型，以及12型，其根据肺炎链球菌中荚膜的多糖结构进行分型。
具有多糖结构的荚膜侵袭肺泡，导致肺泡壁水肿，之后肺泡壁出现渗出，包括有白细胞和红细胞的渗出，另外还有含菌液的渗出。渗出液会通过肺泡间的隔室孔，向相邻肺泡蔓延，最终导致整个肺叶出现炎症。
由于肺炎链球菌感染从肺外周开始，所以肺叶间分界非常明显，即出现大叶性肺炎。另外肺炎链球菌感染容易侵犯胸膜，导致胸膜炎发生，所以肺炎链球菌主要致病物质，即荚膜中的多糖结构。
