真菌性鼻窦炎分两大类，包括非侵袭性和侵袭性。每一种类型做手术后处理都不完全相同，比如真菌球做手术以后注意定期复查、预防感冒、合理饮食、注意生活规律，手术后效果好，复发率低。
若患者是变应性真菌性鼻窦炎，做手术后得长期使用鼻用激素，甚至短期口服激素，因为不但有真菌因素，还有变态反应因素，需抗过敏治疗，包括鼻腔冲洗、长期随访与观察，保证变应性真菌性鼻窦炎手术后疗效。需注意通过这些注意不能阻止复发，因为病变本身决定复发性。
另外一大类是侵袭性真菌性鼻窦炎，不管是慢性还是急性，手术后一定要抗真菌药物治疗，而且最重要的是想方设法的提高免疫力，因为侵袭性真菌性鼻窦炎发病原因是免疫力功能低下，若免疫功能不提高，手术后效果不佳，不能控制症状，更不能防止复发。
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