部分患者尿道下裂会有后遗症，常见后遗症包括术后出血、阴茎水肿、伤口裂开、伤口愈合不良、尿道狭窄、尿道瘘、尿道憩室、术后阴茎外观欠佳等。尿道下裂术后后遗症较多是手术的难点，以至于全世界有300余种尿道下裂的手术方式。

尿道下裂的后遗症与尿道下裂严重程度、患者就诊年龄、手术情况和术后护理相关。而尿道下裂分型越重，出现并发症机会越多。如果患者年龄较大，由于皮肤条件较差，同时皮脂腺过度分泌，可能会增加并发症几率。而患者就诊年龄越小、分型越轻，出现并发症几率越小。因此，建议尿道下裂的患者及早就诊，最好在3岁前完成手术。