膀胱结石使用激光碎石治疗是一种较为安全的方法，但是任何手术均有潜在的风险或者并发症。要注意避免发生的并发症主要指输尿管口损伤，因输尿管开口于膀胱，有两个较小的口，利用激光碎石的手术当中，由于激光具有较高能量，能够打碎结石，同时也有可能损伤输尿管的开口。

输尿管开口一旦被激光烫伤或热灼伤，可能会导致输尿管狭窄，严重者在术后短期内就会出现腰痛的症状。因此，腰痛在很大程度上，即因为术中损伤了输尿管口，导致肾脏产生的尿液无法顺利地经过输尿管流到膀胱内，引起肾内高压的状态所致。