肾盂输尿管交界处本身存在生理性狭窄，大多数生理性或者先天性狭窄没有造成积水、腰痛、肾功能下降，不需要进行特殊对待和处理。对于病理性肾盂输尿管交界处狭窄，要引起重视，常用的对策为经输尿管镜下的各种操作，包括局部扩张或激光去除狭窄。对于管腔外或压迫造成的不适和肾功能下降，要借助于腹腔镜等各种措施进行对应的处理。

肾脏有较多血管供应，特别动脉，有可能会跨越肾脏与输尿管交界处，造成局部的压迫，症状明显者需要处理。还有一种肾盂输尿管交界处的病理性狭窄称为UPJO，需要针对狭窄进行整形手术。