服用黄体酮的副作用包括恶心、呕吐、头晕、头痛、乳房胀痛、白带增多、阴道点滴出血、体重增加或者减少等，严重时可以引起眩晕，因此通常建议睡前服用黄体酮，减少头晕症状。部分女性服用黄体酮后，可能会加重抑郁的症状。

服用黄体酮主要治疗先兆流产或者月经不调，需要排除恶性肿瘤，如乳腺或者生殖器恶性肿瘤。此外，存在血栓史，对黄体酮制剂过敏或者不明原因的阴道出血的患者不能应用黄体酮，对不明原因的阴道出血，需要经过医生检查确诊。