伯基特淋巴瘤可发生于淋巴结结内，也可以发生结外器官。初始诊断时常见症状是淋巴结肿大或脏器侵犯，如肝脾和腹腔淋巴结肿大。在部分病例可以观察到其它脏器转移症状，儿童可以出现中枢神经系统侵犯症状，如头晕、乏力、走路不稳、恶心、呕吐。

骨转移患者可以出现周身骨痛，或活动受限。儿童淋巴瘤常发生于回盲部或腹腔大淋巴结转移，可以出现腹痛、腹泻、便血症状。伯基特淋巴瘤疾病发生后，临床分期较晚，中枢、骨侵犯，甚至骨髓侵犯均为常见部位。