液氮冷冻原理是组织热量大量释放以后，造成组织的结晶水肿、坏死，这个过程因为会出现水肿、坏死，所以会形成炎症反应刺激神经末梢，出现疼痛。液氮冷冻时可以达到-196℃左右，低温时与皮肤接触，皮肤自然感觉剧烈疼痛，类似手在冰箱里拿冰块时间过长会感觉冰冷刺骨，所以开始冻的疼痛是冰冷、刺骨疼痛的感觉。

炎症反应时，出现水肿、坏死、血泡，这时的疼痛是因为炎症刺激，形成血泡以后因为张力刺激也会形成疼痛反应。一般液氮冷冻以后出现轻微疼痛正常，回访患者时若治疗以后没有任何反应说明不够，但疼痛剧烈，出现血说明治疗过量。