原发性肝癌甲胎蛋白不一定都会升高，肝细胞性肝癌可分泌甲胎球蛋白，所以甲胎球蛋白可以升高。但多数胆管细胞癌甲胎球蛋白可以不升高，只有少部分胆管细胞癌甲胎球蛋白可能会升高，不能根据甲胎球蛋白高低断定是否患原发性肝癌，也不能根据其高低判断肿瘤活性。

甲胎蛋白只能作为肝癌普查指标，如果甲胎球蛋白持续升高超过300ng/mL，且连续1-2个月以上，应高度怀疑患肝癌的可能。如果甲胎球蛋白不升高，但其它指标有异常，也要引起重视。