真菌性中耳炎大多数使用抗生素滴耳液，虽然能够杀死细菌，但是不能杀死真菌，反而破坏外耳道的菌群环境，造成菌群失衡，会加快真菌繁殖速度。
需要清理外耳道的脓液以及外耳道的真菌，清理干净后要进行局部理疗，同时用3%或4%的硼酸滴耳液进行局部清理，让外耳道环境既不适合细菌生长，也不利于真菌生长，这样才能最终抑制外耳道的真菌生长，同时有利于中耳炎痊愈。
最好的办法是在发作间期时，进行慢性化脓性中耳炎的治疗，比如用药或者进行鼓膜修补，做鼓室成形术，让耳道不再流脓，彻底解决外耳道潮湿环境的问题，使之不利于真菌生长，才能够达到根治的目的。
真菌性中耳炎不是很常见，一般是患者本身有慢性化脓性中耳炎，耳朵里流脓使耳道变成潮湿、阴暗、不通风的环境，有利于真菌生长。清理外耳道时，手不干净或者用的棉签不干净，会把真菌带入外耳道中脓的环境里，使真菌生长。
