肛周脓肿的手术种类很多，根据脓肿部位以及严重程度决定手术方式。对于表浅脓肿，范围较小，或涉及到肌间隙，且情况并不复杂，这种手术是小手术。完全是通过切开引流，能使脓肿得到快速愈合。

对于位置比较高，涉及间隙比较多，而且范围比较广，比较复杂的脓肿，如肛提肌以上的的脓肿，或者坐骨直肠窝的深部脓肿，或直肠黏膜下较高位的脓肿，这种脓肿外部表现不典型，但早期会发生中毒症状。此时做手术，其相对是大手术，此类手术损伤大且需要挂线，恢复时间也较长。所以肛周脓肿手术的大小只能根据病情做相应的考虑。