先天性巨结肠在新生儿时期主要治疗办法分保守治疗或手术治疗，具体分析如下：

1、保守治疗：主要是对症治疗，比如输液、抗感染等，另外最主要是灌肠，即回流灌肠。 护士需很耐心，从孩子肛门下管，每一次打进去生理盐水和抽出来，要求抽出来比打进去多。灌肠后，孩子腹胀明显减轻，恢复食欲。另外比较轻的患者可以用肥皂条、开塞露、食用油等，从肛门打入，用来刺激排便；

2、手术治疗：主要需要肠造瘘，暂时解除腹胀。部分孩子灌肠效果不好，需要手术治疗。

先天性巨结肠是常见消化道畸形，大多数是从新生儿时期表现出来，最主要表现是胎粪排出延迟、腹胀、呕吐、诱发排便反射。新生儿期暂时不要根治性手术，要暂时造瘘或者保守治疗。