建议儿童餐后0.5-1个小时服用益生菌，尽量减少胃酸和胆汁对益生菌影响，从而达到最佳效果。家长还需注意给儿童服用益生菌时不可用开水冲泡或使用温度过高的水，否则会导致益生菌活性降低或杀灭。此外，需注意避免将益生菌与抗生素一并服用，若儿童病情需要抗生素治疗，则建议服用二者间隔2个小时。

益生菌属于人体肠道杆菌，儿童出生前肠道处于无菌状态，而出生后24小时左右肠道内便会充满细菌，在不到1个月时间内儿童肠道菌群总量和数量已基本接近于成人。益生菌最早用于治疗腹泻，随后研究发现具有双向调节作用，可用于腹泻和便秘，益生菌具有调节肠道菌群作用。而近年更多研究表明，益生菌除调理肠道外，对部分免疫及过敏反应也有一定益处和治疗作用，因此应用范围逐渐扩大。儿童服用益生菌时可参考上述注意事项，以达到最佳效果。