克霉唑是治疗霉菌的常用药物，可以抑制霉菌的生长，但因霉菌的生长特性难以一次性治愈，因为霉菌属于芽孢菌。若将酵母放到干燥的地方保存，可以保存较长时间，但放在温暖潮湿的环境下即可再次生长。阴道的霉菌性感染也存在同样的问题，所以治疗较困难，可能治疗后无症状，但当抵抗力下降或因特殊的原因刺激，可能会再次发病。

霉菌性阴道炎治疗困难，且难以完全治愈。克霉唑以及氟康唑、酮康唑等均可进行治疗，但必须按疗程进行，无论是否出现症状，第二个疗程均需使用药物，以防复发。