黄芩和黄芪的区别在于性味归经、临床功效和应用，具体如下：

1、黄芩：性味苦寒，主要入人体的肺经和脾经、胃经。黄芩主要是清热解毒的药，特别是清除上焦，也就是肺系热证效果比较好，如风热咳嗽或痰热犯肺引起的咳嗽、咳黄痰、气喘等会用到黄芩；

2、黄芪：性味辛温，主要入人体的肺经和肾经。黄芪主要有补益的作用，补益心气或补益脾气候通常会用到黄芪，这种类型的患者通常有气短、懒言、乏力、怕冷或者肢体倦怠、面色萎黄等。