电针灸危害不是很明显，主要看用于什么地方，电针灸主要副作用是导致肌张力上升，所以在肌张力很高的情况下，不提倡用电针灸。
当中风后期肌肉痉挛非常明显，出现踝阵挛、髌阵挛以及下肢肌张力非常高，在肌张力高的位置用电，此时容易引起肌张力急剧升高，从而影响患者的恢复，导致患者出现痉挛、紧张。还有面肌痉挛也不能电针灸，局部用电针灸会加重病情。所以使用电针灸前，需要选择适应证，而不是所有病都用电针灸。
电针灸对神经损伤的疾病，效果比较好，还有对疼痛效果也比普通毫针要好。另外电针灸经常用于肌无力的情况下，比普通的毫针效果还要好。电针灸还可以对关节的炎症、软组织的慢性炎症治疗，效果也比较良好。
