二联三联四联菌的区别其实主要就是菌种数量，还有菌种种类的区别，相应的药理作用和药用功效也有一定的区别。

一、二联活菌制剂：主要包括两种活菌制剂，枯草杆菌二联活菌制剂和酪酸梭菌二联活菌制剂。

1、枯草杆菌二联活菌制剂：就包含了屎肠球菌、枯草杆菌这两种活菌，还含有其他的一些成分，包括维生素C、维生素B1、维生素B2、维生素B6，还有维生素B12等，它是一个复方制剂；

2、酪酸梭菌二联活菌制剂：它的成分包括婴儿型双歧杆菌，还有酪酸梭状芽孢杆菌这两种活菌制剂。

二、三联活菌制剂：顾名思义，里面有三种活菌成分，比如像双歧杆菌、三联活菌胶囊，主要含有的活菌种类包括肠型双歧杆菌，还有嗜酸乳杆菌、粪肠球菌。

三、四联活菌制剂：主要含有四种活菌成分。除了婴儿双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌以外，还有蜡样芽孢杆菌。

所以二联三联四联菌主要的区别就在于菌种数量和种类的区别。