外耳道存在真菌的患者可以使用抗真菌软膏进行涂抹，从而抑制真菌生长。外耳道有霉菌生长称为真菌性外耳道炎，由于外耳道内温暖、潮湿，若患者经常搔刮外耳道使外耳道皮肤表面保护屏障消除，则可能会引起真菌感染。此类患者还可以使用改变真菌生活环境的药物，如碳酸氢钠滴耳液进行耳道内浸泡。

此外，患者可使用具有杀灭真菌作用的软膏，也可以得到较好疗效。但在使用药物后，患者应定期到耳鼻喉科清理耳道。由于真菌的菌丝会混在滴耳液或软膏内，若不清除混有真菌的药物，当水分蒸发后，真菌可能会再次生长，从而导致真菌性外耳道炎的复发或症状的反复。