多数病人腹部的不适感，将在肠镜检查后24小时左右消失。少部分人可能因肠镜前进行的肠道准备，造成短暂性的肠道菌群失调，可能导致持续腹胀、腹泻、排便不畅等情况，可使用益生菌调节肠道菌群，有时可能需加服调理肠道动力的药物，如曲美布汀等。
通常做完肠镜后需观察有无明显腹痛、发热，或突然出现全腹剧痛等，虽然肠镜可能存在肠道穿孔的风险，但发生率较低，不必过度紧张。若腹痛突然加重，需及时前往医院就诊明确诊断，并进行补救性措施。多数病人做完肠镜后无特殊症状，肠道功能可较快恢复，饮食上应注意清淡，避免较早进食难以消化的食物，以减轻检查后的不适感。
