肺炎衣原体有研究表明，在40%的人群中已经受到过肺炎衣原体的感染，是亚临床感染。亚临床感染是指有过衣原体的感染，但是并没有症状，部分人也可以检测到肺炎衣原体阳性，因为可以检测到抗原阳性或培养后阳性，也可以使PCR检测到核酸阳性，查血可能是抗体阳性。

有部分人感染以后，可以表现有呼吸系统的部分症状，典型的症状是阵发性痉挛性的咳嗽，可以伴有咳痰或全身感染的症状，如发热、无力等。