真菌性食管炎即霉菌性食管炎，通常情况是人体免疫力低下的一种表现，常见于艾滋病患者及肿瘤晚期的患者，此外长期应用抗生素亦可导致。对于霉菌性食管炎的治疗，目前为使用抗真菌的药物，同时要加黏膜保护剂，如硫糖铝凝胶、铝碳酸镁等，还要加入一些抑酸药物，如兰索拉唑、雷贝拉唑、奥美拉唑、泮托拉唑、艾普拉唑等，可修复食道黏膜。

出现真菌性食管炎应积极给予营养支持治疗，提高患者的免疫力和抵抗力，同时加强营养，可对疾病的恢复有帮助。亦可用一些增强免疫力的药物，如胸腺五肽等，对于提高免疫力，较有帮助。同时应积极治疗原发性疾病，如艾滋病，应进行系统的治疗，对于肿瘤晚期的患者，应给予支持营养治疗。对于抗生素导致的霉菌性食管炎，能够停用抗生素时，就应及早停用抗生素，对于疾病的恢复较有帮助。