鼻拭子的过程更为痛苦。对于咽拭子，患者仅需配合张口并发出啊的声音，使得咽后壁得以充分暴露，接着使用棉签在咽后壁和咽腭弓两侧迅速擦拭2-3次即可取样。而鼻拭子则需使用较软的长棉签，通过鼻腔逐渐进入鼻部深处，而非鼻前庭。在这一过程中，需要穿过鼻甲来获取标本。

因此整个取样过程，尤其是在鼻腔中进行时，可能导致患者感受到更为明显的不适，采样时间也相对较长。特别是存在鼻结构异常，如鼻中隔偏曲、鼻甲肥大，皆可能增加摩擦，从而产生鼻腔酸胀或疼痛等不适感。因此对患者来说，取鼻拭子相对更为痛苦。