部分小头畸形在足月出生之前即可发现，通常有以下高危因素，包括先天性小头畸形家族史、孕妇酗酒、抽烟、疱疹病毒感染、风疹病毒感染、寨卡病毒感染，B超可发现胎儿头围明显偏小。一般出生后足月儿的头围在35-36cm，如果足月儿的头围小于34cm，需要引起警惕，但最终诊断需要等到出生后3个月左右，如果头围小于同年龄、同性别儿童头围的三个标准差甚至以上，再结合运动和智力发育检查、影像学检查即可确诊小头畸形。

如果是严重的小头畸形，一出生即能明确诊断。诊断的核心原则是患儿的头围比正常范围减少三个标准差。如果患儿的头围在三个标准差以内，要考虑可能仅属于头小。