头孢克肟和阿莫西林的区别，在于抗菌药物类别、成分、结构和抗菌谱等方面有所区别，因此适应症有所区别，用药禁忌、注意事项以及某些不良反应等方面有所区别，具体如下：

1、头孢克肟：该药物属于头孢类抗菌药物，属于头孢类抗菌药物中的头孢三代，适用于治疗对头孢克肟敏感的某些细菌感染，包括链球菌属、肺炎球菌属、大肠杆菌、克雷伯菌以及流感杆菌等一系列细菌感染，如果对于头孢克肟敏感细菌引起的感染症状，均可选用该药物进行治疗；

2、阿莫西林：该药物属于青霉素类抗菌药物，属于广谱半合成青霉素，杀菌作用较强，也属于口服抗菌药物。阿莫西林和头孢克肟相比，在用药前必须进行皮试，因为青霉素类抗菌药物，有可能引起患者发生严重过敏性休克，所以在用药前必须进行皮试反应，如果是皮试阴性才可以使用。

总之无论是头孢克肟还是阿莫西林，作为抗菌药物，均必须在医生指导下合理使用而避免滥用抗菌药物。