肛周囊肿为肛周皮下包块，而痔疮属于肛门处的静脉曲张团块，临床上可通过触诊及视诊进行鉴别。

肛门囊肿也可称为肛周囊肿，即肛周出现与肛门无关的包块，多数是由于皮脂腺分泌异常导致。肛周囊肿早期大小类似于疖肿，但感染时可逐渐增大，若长时间存在肛周囊肿，可存留较多豆腐渣样物质，在急性发作后还会出现类似肛周脓肿样的严重表现。但正常的肛周脓肿与肛门相通，即肛腺引起感染，在后期可合并形成肛瘘。肛门囊肿溃破后，患者的症状可明显改善，囊肿会变小且与肛门不相通，所以不会形成肛瘘。

痔疮即肛门处的肛垫脱出，肛门周围静脉曲张而形成柔软的团块，与肛周囊肿不同。