患者的扁桃体发炎，高烧39℃，通常采取综合治疗，比如抗生素、中成药物、局部用药以及对症支持疗法，常见分析如下：

1、抗生素治疗：扁桃体发炎，体温达39℃，提示炎症较重或者致病菌的毒力较强，患者免疫力较差，出现扁桃体化脓，可以选择静脉输液给予抗生素，首选头孢类，如头孢曲松钠、头孢唑林、头孢孟多等，治疗效果良好；

2、中成药物治疗：配合清热解毒的中成药物，如蓝芩口服液、四季抗病毒合剂、清热解毒口服液等；

3、局部治疗：可以使用生理盐水漱口，以及1%的双氧水漱口，尽快去除脓性分泌物，缓解全身中毒症状。咽喉部理疗也属于局部治疗，治疗效果良好；

4、对症支持疗法：如补足液体，包括营养成分，体温39℃的给予退热治疗，比如对乙酰氨基酚、布洛芬等，进行全身对症支持疗法。除此之外，患者要注意清淡饮食、大量饮水，多食富含维生素的蔬菜、水果。