宝宝免疫功能低下和免疫缺陷不同，具体如下：

1、免疫缺陷：免疫缺陷是指宝宝由于先天性免疫系统发育缺陷，或者是后天的免疫系统受损，导致宝宝出现免疫功能的明显缺陷。常常是在出生以后不久，就会出现严重的感染，比如说宝宝会出现败血症、重症肺炎和化脓性脑膜炎，以及某些重症的病毒感染等。免疫缺陷好多都是由于先天的基因缺乏导致，往往治疗上要给宝宝补充丙种球蛋白，或者是经过骨髓移植以后才能够改善，继发性的免疫缺陷常常是指患有艾滋病；

2、免疫功能低下：而宝宝免疫功能低下往往是生理状态，这跟宝宝的免疫系统的发育情况有关。宝宝在出生以后，无论是特异性免疫和非特异性免疫功能都不健全，非特异性免疫包括皮肤的屏障功能，包括补体、溶酶体和备解素的含量以及功能都处于低下水平。所以存在宝宝免疫水平相对比较低，抗感染能力偏弱的情况。还有宝宝特异性的免疫功能，相对来说也比较弱。比如在细胞免疫方面，CD4阳性细胞和CD8阳性细胞的比值，以及Th1和Th2细胞分泌的细胞因子的量，只有到了2岁的时候才能达到成人的水平。而在体液免疫方面，宝宝B细胞产生抗体的能力相对比较低，而IgM抗体不能通过胎盘，所以宝宝患革兰阴性杆菌引起的败血症的可能性相对比较大。等到宝宝到了7周岁以后，血清中的抗体水平，包括IgA、IgG和IgM的水平才能达到成人水平。这时宝宝的免疫功能才相对成熟，所以宝宝存在着免疫功能低下是比较常见的现象，和宝宝的生理功能发育相符。