碘-131治疗甲亢，最常见的并发症包括近期并发症和远期并发症，近期并发症包括甲状腺炎、甲亢复发，远期并发症包括甲减、甲亢突眼等。碘-131治疗甲亢后，3-6个月之内可以出现放射性的甲状腺炎，表现为一过性的甲亢，随之甲功逐渐降到正常。随着时间的延长，可以出现甲减。在碘-131治疗甲亢后，3-6个月之内，如果甲亢没有控制住，可以出现甲亢复发，甚至甲亢危象。

远期并发症主要指碘-131治疗甲亢后，造成甲状腺细胞的破坏，造成甲状腺功能低下，表现为乏力、爱困、体重上涨、皮肤粗糙等。甲减如果促甲状腺激素＞10μIU/ml，则需要终身用甲状腺素片替代治疗。如果促甲状腺激素在5-10μIU/ml之间，可以根据临床表现，酌情用甲状腺素片治疗。此外还有甲亢突眼，可以造成突眼加重、复视等。