长期服用熊去氧胆酸胶囊的副作用，即不良反应如下：

1、胃肠道功能紊乱：主要症状是稀便或腹泻，尤其是过量服用时，症状表现更为明显；

2、右上腹疼痛：在治疗原发性的胆汁性肝硬化时，可以引起严重右上腹疼痛的罕见不良反应；

3、肝胆功能紊乱：还包括肝胆功能紊乱，引起胆结石钙化等较罕见情况；

4、过敏反应：说明书中提到可以罕见有荨麻疹的不良反应症状。

去氧胆酸胶囊使用时，需要注意在用药前向医生描述，自己的药物过敏史、基础疾病、用药史等。一方面排除用药禁忌，另一方面避免熊去氧胆酸和现在服用的药物之间发生不良的相互作用。此外对于妊娠前三个月的孕妇，禁止使用去氧胆酸胶囊，具有胚胎毒性的风险。同时哺乳期的妇女也需要禁止使用，因为熊去氧胆酸成分能进入母乳影响孩子，哺乳期妇女用药以后，建议暂停哺乳，停药一段时间以后再恢复。