恶性胃肠道间质瘤手术后会出现复发转移，根据肿瘤大小、显微镜下核分裂象情况以及肿瘤部位，将胃肠道间质瘤分复发风险度分成四级，包括极低危、低危、中危、高危。

极低危患者后复发几率为0%，基本不会再复发转移。随危险度分级升高，手术后出现复发转移可能性会逐渐增高。所以胃肠道间质瘤在手术后会出现复发转移，通常患者出现复发转移部位均为原发部位，有可能会出现复发。腹腔种植性转移有可能出现，如原来仅出现于胃，后面可能出现在于腹腔、盆腔、肠道表面，该肿瘤也易沿血液出现转移，可能会转移到肝脏、肺、骨等部位。所以胃肠道间质瘤患者，手术后仍会出现复发转移。应对这部分中危的或者高危的患者尤其重视，进行定期复查随访。