治疗大肠杆菌的特效药是抗生素，常用药为喹诺酮类抗生素，如利复星也称为左氧氟沙星，可以口服也可以静脉给药，要根据感染严重程度、病情危险程度来进行选择用药。大肠杆菌是肠道里常见的致病菌，正常情况下人体可能会有少量的大肠杆菌存在，因为自来水的品质评估也会有大肠杆菌而不是为零。如果水源被大肠杆菌污染导致大肠杆菌超标，进食大肠杆菌超标的水后可能会引起急性胃肠炎感染大肠杆菌。

大肠杆菌感染主要症状为恶心、呕吐、腹泻、腹痛，大便呈水样、黄色稀水样，通常不会伴有黏液脓血，通常为便前腹痛，排便后腹痛会缓解。如果是小儿和体弱的老人感染，反复的呕吐和腹泻可能会并发电解质紊乱，甚至诱发身体产生其它疾病，像循环血量不够导致脑梗、心梗等情况，所以需要积极治疗，可以应用抗生素。如果是成年人或体质较壮的人可能会自行愈合，也可以服用抗生素或者黄连素等中药来进行治疗。