绝大部分肛周脓肿都可以治愈。急性期肛周脓肿经过充分引流换药以后，新鲜组织会充填到整个脓腔，局部修复后可以完全治愈脓肿。慢性脓肿即形成肛瘘以后，可以切开、局部挂线，或用其它保守治疗的方法，都可以将肛周脓肿治愈。

对于肛周脓肿合并结核、溃疡性结肠炎、克隆氏病等疾病，一定要积极治疗原发病。高血糖患者容易并发肛周脓肿，如果血糖控制不利，肛周脓肿也不容易得到控制，一定要积极治疗原发病症，控制后绝大部分肛周脓肿都可以治愈。