松果体囊肿通常是一种先天性囊肿，是在胚胎发育过程中逐渐形成的一类囊肿。大部分松果体区的囊肿，特别是松果体区比较单纯的囊肿，在后天的观察过程中，一般保持相对静止的稳定状态，囊肿体积不是很大，也不容易引起脑积水或者其他症状。
对于没有任何症状的松果体囊肿，只是在神经影像学，特别是头颅磁共振检查时，才发现有病变，一般也不需要处理。如果松果体囊肿体积比较大，引起了梗阻性脑积水或者对周围的结构形成压迫，从而引起神经系统症状，需要考虑通过手术的方式处理囊肿，改善患者脑积水的情况以及神经系统的症状，这类手术通常是神经内镜的手术治疗。
所幸大部分松果体囊肿是由于先天的细胞残留在局部，形成的囊肿，在后天的随访过程中保持稳定，也不引起症状。所以大部分松果体囊肿无需进行手术治疗，只有很少数部分囊肿，由于引起患者出现症状，或者是引起梗阻性脑积水等情况，才需要进行神经外科手术干预。
