尿道下裂术后小便疼痛常见原因如下：

1、局部炎症感染，主要指外面包皮是否有感染导致刺激；

2、尿道通畅性问题，小便是否有费力感、梗阻感，尿线是否细，需要排除尿道梗阻情况，如果持续存在尿道狭窄，必然会出现小便费力、疼痛等情况；

3、尿瘘，如果新鲜创口出现疼痛，如导尿管拔除以后出现小便疼痛，尤其是出现排尿费力或者会阴部肿胀，建议马上到就近医院泌尿外科进行专业处理，必要时重新留置一根导尿管，因为有可能会引起严重问题。