无论是良性肿瘤还是恶性肿瘤，无论是神经系统的肿瘤还是其他部位的肿瘤，总的病因仍然不明确，女性患者如此，男性患者也同样。部分肿瘤，在男性和女性中存在一定性别比例的差异，最明显的是脑膜瘤，脑膜瘤患者女性明显高于男性，根据性别比例的差异，可能认为雌激素参与了脑膜瘤的生成和发展，脑膜瘤只是脑肿瘤中的一种，脑膜瘤本身形成的因素也很复杂。
脑肿瘤包括垂体瘤、胶质瘤、螺旋管瘤等，这些肿瘤发病因素都很复杂，可能和化学环境、化学物质、容易霉变，以及含苯环的化学物质、比较强烈的电离辐射有关，如果经常进行头颅CT的扫描等，也被认为是脑肿瘤形成的原因之一。还有一部分肿瘤的形成可能是先天性的，如婴幼儿，非常小的女童出现肿瘤，可能就是先天性肿瘤，这些都是脑肿瘤形成的原因。
