肾结核是指结核杆菌感染到肾脏，进而出现症状。对于肾结核患者，结核杆菌先感染人体肺部，随着血液运行，先感染肾脏皮质，即肾脏内部肉组织。若患者抵抗力较强，结核杆菌会在肾皮质内被杀灭，并且在肾脏遗留钙化斑。若患者抵抗力较差，肾组织内结核杆菌会经过繁殖，形成小病灶，随着病灶逐渐增大，通过肾脏肾盏或肾盂侵入到肾脏集合系统内。

结核杆菌会产生在尿液中，顺着输尿管流到膀胱。由于膀胱有储存功能，结核杆菌会停留在膀胱中，对其产生刺激，患者会出现尿频、尿急症状。长时间刺激会影响膀胱弹性，从而造成内容量缩小。随着疾病进展，由于膀胱容量较小，还会影响对侧输尿管，造成对侧输尿管与膀胱开口部位的阀门失灵，最终导致对侧肾积水。