自体造血干细胞移植这项技术非常成熟，从上个世纪70年代已经开始开展。自体造血干细胞移植风险相对比较低，因为是用自己的造血干细胞支持大剂量化疗。移植相关的并发症多见比如感染、出血并等发症，还有其它出现机会比较低的并发症，比如干细胞采集数量或者质量有问题。

还有造血重建有问题，造血无法重建如同再障样的表现，也是自体造血干细胞移植的风险。还有其它非常罕见的严重并发症，但总体安全性比较高，严重不良反应的发生率比较低。