四价HPV疫苗与九价HPV疫苗，主要存在以下的区别：

1、预防范围不同：四价HPV疫苗主要针对高危型HPV(人乳头瘤病毒)病毒，包括HPV-16型、HPV-18型，以及两种低危型HPV病毒，包括HPV-6型与HPV-11型。九价HPV疫苗在四价HPV疫苗的基础上，增加了5种高危型的HPV病毒，包括HPV-31型、HPV-33型、HPV-45型、HPV-52型和HPV-58型，因此HPV九价疫苗能够预防的HPV病毒种类会更多；

2、注射年龄不同：四价HPV疫苗规定的注射年龄为20-45岁，九价HPV疫苗规定的注射年龄为9-26岁。

目前两种疫苗的总体使用效果差距并不明显，四价HPV疫苗与九价HPV疫苗的建议注射时间都是0月、2月和6月。四价HPV疫苗中的两种高危型病毒，也就是HPV-16型与HPV-18型是导致宫颈癌比较常见的病毒类型，多数宫颈癌都是由其感染导致，四价HPV与九价HPV疫苗都针对上述的病毒具有预防作用，因此总体保护效率相差较小。